Trước khi người châu Âu có mặt tại Colombia, vùng đất Boyacá là nơi sinh sống của dân tộc Muisca. Đời sống của họ chủ yếu dựa trên nông nghiệp, khai thác vàng và ngọc lục bảo.

Gonzalo Jiménez de Quesada là người châu Âu đầu tiên chinh phạt vùng Boyacá và bắt người dân bản địa phải thần phục và làm việc trong các đồn điền của người Tây Ban Nha.

Năm 1539, Gonzalo Suárez Rendón lập nên thành phố Tunja.